1 缺乏足够的资金，修复难度大
由于乡镇经济发展水平有一定的限制，政府部门的后备资金存储匮乏，加上水利工程的建设资金较少，较大地阻碍了水利施工改造工程工作的实施，在管护阶段若出现质量问题也时常因资金不足不能及时修复好。例：乱扒沟渠、耕种河堤等使水利工程不再完整，但由于政府资金不足，此类问题很难及时处理好。
2 施工环境差
施工环境差主要反映在建设单位政策处理难度高、工作量巨大、人民因自身利益减缓工程施行的进程、土石料供应数量及其质量无法满足工程需求。
3 一些工程实体质量还有待于提高
因部分工程确保较为健全的质量管理体系，再加上施工工艺滞
后、从业者缺乏浓厚的质量意识，使工程实体质量存在很多潜在的
问题。同时，在日常施工管理过程当中，往往会有返工、整顿情况
发生，更有甚者，部分工程还无法达到验收要求。
4 一些工程缺乏较为完善的质量管理体系
此地区投资大部分是小型水利工程项目，而在工程建设管理上缺少经验的各村委员会往往是项目的建设单位；而近几年以来监理市场发展过快，从业者的素质存在着很大的差异；再加上施工单位项目管理人员无法充分贯彻落实“三检制”，配备不大完全，导致部分工程的质量保证体系尚不完善。
如今，乡镇小型水利工程的结构主要有中沟、大沟、农田小沟等设施，但是，各大设施的产品规格、布局及其运作手段等均有不同，增加了工程管理的难度。除此之外，村级管理、乡镇管护、联户管护等组织间未明确划分好其相应的权利，导致水利施工管理秩序愈加复杂化。
5 大多数工程延长施工时间，无法按时完工
施工单位虽然会预先编制并审批施工进度与计划，但是，在施工时却时常未严格依据计划部署组织施工，导致实际和计划一旦不同也不能及时采用相应手段调整工期，使合同工期的存在只是一个摆设。工程无法按时完成，这既增多了各个参建方的管理费用、又推迟了发挥出工程效益的时间，为防汛抗台增添了不少任务。
6 管理不到位，不按规定操作
由于管理政策较少，部分水利工程在施工过程中产生的违规操作问题不能及时解决。举个例子，乡镇小型水利工程集分布零散、范围广、量大等特征于一身，在勘察期间，出现了桥涵受损、机井被填等与规定相违背的情况，而这是因水利施工方案不恰当所导致的，但是最为主要的是由于工程管理不及时。
