一、招标代理机构作为专门从事招标投标工作的中介组织，必须具有与其所从事的招标代理业务相适应的专业代理资格，并须经有关行政主管部门的认定。在现行体制下，招标代理机构所从事代理业务的领域不同，其资格认定机关也有所不同。根据本条第1款的规定，招标代理机构的资格认定分为两个层次：
1．从事工程建设项目招标代理业务的招标代理机构的代理资格按照管理权限划分，分别由国务院建设行政主管部门和省级人民政府建设行政主管部门认定。认定的办法应由国务院建设行政主管部门会同国务院有关部门制定，建设行政主管部门不应单独制定具体办法。
2．从事其他招标代理业务包括货物采购及服务等的招标代理业务，按照国家规定需要进行资格认定的，其代理资格的认定由国务院规定的主管部门认定。这主要是考虑其他招标代理业务范围较广，情况比较复杂，不宜统一在法律中规定，因此授权国务院根据实际情况作出规定。
二、招标代理机构一经法定程序设立，便成为独立从事招标代理业务及相关服务的中介组织，其依法开展业务活动不受任何行政单位的干涉。为了保证招标代理工作公正、客观、有效的进行，也为了依法纠正目前实际中存在的某些招标代理机构依附于行政机关，借用行政权力实行强制代理，损害招标人利益，有关行政机关也借此谋取不正当利益的现象，本条第2款明确规定：招标代理机构与行政机关和其他国家机关不得存在隶属关系或者其他利益关系。这一规定中“其他国家机关”，包括各级国家权力机关和司法机关。这里讲的“隶属关系”，是指招标代理机构与行政机关或其他国家机关的直属上下级关系；“其他利益关系”，主要是指经济上的利益关系，如有的招标代理机构将其业务收入的一部分上交给其依附的行政机关，作为其小金库收入等。根据本法和有关法律、法规的规定，国务院和有关地方行政主管部门对招标代理机构有按照分工对其专业代理资格进行认定、营业登记和对其业务活动进行监督的权利，对招标代理机构没有领导权。招标代理机构应当完全按照市场规律运作，财务独立、人事独立、自主经营、自负盈亏。目前我国现行招标代理机构的体制存在严重的弊端，现有的招标代理机构，有些比较规范，也有相当部分尚不规范，如有的是行政机关的下设机构，有的是事业单位，有的是企业但行使行政职能，不少都隶属于行政主管部门，政企不分，缺乏统一规范。本法实施后，招标代理业应当通过整顿，逐步理顺关系，与行政主管部门脱钩，成为真正独立的社会中介组织
