１施工管理经验的欠缺
清单模式下的工程量都是由招标方提供的，业主或委托咨询机构提供工程量清单，业主在施工方案和施工工艺等微观管理方面必须具有足够的经验，但是我国中介机构专业化程度不是很髙，对工程管理知识欠缺，再加上编制人员的技术水平、责任心等问题，清单计价实行了“量价分离，风险共担”的原则，业主不但要承担工程量误差的风险，同时还要承担工程量清单补充风险和索赔风险。
实际上目前我国业主的工程管理水平欠缺，再则施工企业自身的素质与管理水平达不到实施清单计价管理规范的要求，我国的绝大多数施工企业是传统的自成体系的封闭管理模式，而且施工管理人员数量多，素质偏低，与现代化的工程项目管理要求差距较大。
２现有的评标模式和评标能力的不足
目前建设工程项目施工招标普遍采用的评标方法是百分制法。即在开标会结束后，由评标专家立即进行评标、定标。但由于对“成本价”的界定还处在探索中，在清单模式下，许多业主对如何运用综合评估法不熟悉。
评审最低投标价法评标原则办法的制定没有切实可行，对风险的合理承担认识也还不够。同时评标体制下评标时间也很紧迫，评价专家的经验与能力不足，在审查投标单位报价的时候，只看总价而不认真分析每项单价、施工方案的合理性，由于建筑市场僧多粥少，竞争激烈，如果报价过高，往往不能中标，浪费人力、财力、物力；如果报价过低，与经评审的最低价中标办法不符，即使中标，往往也会给后期经营带来很大困难，甚至亏本。
在评标定标过程中往往会因为投标单位采用先进的施工工艺或执行市场价格，出现各家投标单位报价相差悬殊较大的现象，面对诸多的风险，某些业主就干脆取最低投标价，或次低投标价，在签订合同时，所有的风险均由中标单位承担，还有的业主在招标时设定许多的附加条件或加高门檻，让合格的投保人因“低于成本价”而失去中标机会或成为废标，使评标定标失去真正意义上的公平合理。
３信息资料的缺乏
在清单模式下，业主要控制工程造价，必须收集错综复杂的材料、设备市场，需要动态掌握建筑市场各种材料报价的实时信息，但是大部分业主在在长期的工程建设中却没有建立自己的造价信息库，使得资料匮乏。未掌握主要材料、设备实际的市场价格，不能有效进行分析来确定投标价格。
４招标文件条款
招标文件是招投标工作中的基本文件，招标文件主要是给投标人的，在文件中说明投标活动的一切资料，并规定投标将依据的规则、程序以及中标后签订合同的主要条款、双方的权利和义务。
１合同签订中工程变更和工程索赔
目前采用的根据详细工程量清单确定的综合单价，组成投标报价的合同形式，加强了市场的竞争，有助于企业提髙能力，但是合同中工程款支付条款经常不明确及工程款支付违约索赔条款不完整、不严谨、不公平，给业主带来了很大的风险。
例如，在清单计价模式下，业主通常会利用市场的优势免于支付经济变更和索赔。此时中标单位在项目实施过程中对工程变更和索赔的管理更加严格，如果工程量清单中的工程量的调整，可能引起项目清单和单价变化，这样通过工程变更和索赔来达到追加工程投资并获利润的目的。
