持续稳定的水压力，水源补给无限；
水荷载不能因任何成拱作用而降低，衬砌结构长期承受高水压；
准确勘测更困难，遇到事先未预测到的不良地质情况使风险性更大；
不良地质体在水的作用下自稳能力弱，可能引起大变形、坍塌，甚至突水；
隧道渗水不能自然流出，必须人工排水，这在放水设计中应予以考虑。
海水具有腐蚀性，结构耐久性降低，设计中必须考虑。

海底隧道的主要技术难点就是水的问题，包括施工期间如何防止突涌水和运营期间尽量减少水的排放量。这在设计和施工中应予以高度重视。