1、因变更引起的纠纷
    在工程建设过程中，变更是普遍存在的。尽管变更的表现形式纷繁复杂，但是其对于工程款的支付的影响却仅仅表现在两个方面：
    （1）工程量的变化导致价格的纠纷
    从经济学的角度看，成本的组成包括两部分，即固定成本和可变成本。固定成本不因产量的增加而增加，可变成本却是产量的函数，因产量的增加而增加。当产量增加时，单位产量上摊销的固定成本就会减少，而可变成本不发生变化，其总成本将减少。在原有价格不变的前提下，会导致利润率增加。因此，当工程量发生变化后，当事人一放就会提出增加或者减少单价，以维持原有的利润率水平。如果工程量增加了，建设单位就会要求减少单价。相反，如果工程量减少了，施工单位就会要求增加单价。
    调整单价时会涉及到两个因素：一是工程量增减幅度达到多少就要调整单价。二是将单价调整到多少。如果在承包合同中没有对此进行约定，就会导致纠纷。
    （2）工程质量标准的变化导致价格的纠纷
    工程质量标准有很多种分类的方法，如果按照标准的级别来分的话，可以分为国家标准、地方标准、行业标准、企业标准。另外，合同双方当事人也可以在合同中约定标准，如果约定的标准没有违反强制性标准，其效力还将高于国家其他标准。
    正是由于工程质量标准的多样性，就会导致工程标准发生变化而导致纠纷的产生。例如，对于某混凝土工程，原来在合同中约定的混凝土强度为25Mp，后来建设单位出于安全和质量的考虑，要求讲质量标准提高到30Mp，这就意味着施工单位将为此多付出成本，那么到底多付出了多少哪，双方也有可能就此产生纠纷。
    对于上面的由于变更而引起的计价方法的纠纷，《解释》第16条作出了规定：
    当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。
    因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。
    2、因工程质量验收不合格导致的纠纷
    工程合同中的价款针对的是合格工程而言的，而在工程实践中，不合格产品也是普遍存在的，对于不合格产品如何计价也就自然成为了合同当事人关注的问题。在这个问题中也涉及到两方面的问题：一是工程质量与合同约定的不符合程度，二是针对该工程质量应予支付工程款。
    对此，《解释》第16条也同时作出了规定：
    建设工程施工合同有效，但建设工程经竣工验收不合格的，工程价款结算参照本解释第3条规定处理。也即：
    1）修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持；
    2）修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。
    因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。 
    3、因利息而产生的纠纷
    《合同法》第113条规定：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，给对方造成损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违反合同一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违反合同可能造成的损失。”
    从上面的条款我们可以看到，如果建设单位不及时向承包商支付工程款，承包商在要求建设单位继续履行的前提下，可以要求承包商为此支付利息。因为利息是建设单位如果按期支付工程款后承包商的预期利益。
    在实践中，对于利息的支付容易在两个方面产生纠纷：一是利息的计付标准，二是何时开始计付利息。
    《解释》第17条对于计付标准做出了规定：当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理；没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息。
    同时，《解释》第18条也对何时开始计付利息做出了规定：利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间：
    1）建设工程已实际交付的，为交付之日；
    2）建设工程没有交付的，为提交竣工结算文件之日；
    3）建设工程未交付，工程价款也未结算的，为当事人起诉之日。
    4、因合同计价方式产生的纠纷
    《建筑工程施工发包与承包计价管理办法》第12条规定：合同价可以采用以下方式：
    1）固定价。合同总价或者单价在合同约定的风险范围内不可调整。
    2）可调价。合同总价或者单价在合同实施期内，根据合同约定的办法调整。
    3）成本加酬金。合同总价由成本和建设单位支付给施工单位的酬金两部分构成。
    由于工程建设的外部环境处于不断的变化之中，这些外部条件的变化就可能会使得施工单位的成本增加。例如，某种建筑材料大幅度涨价，或者发生了一定程度的设计变更使得工程量有所增加，都会让承包商承担了更大的成本。在这种情况下，承包商就可能提出索赔的要求，要求建设单位支付增加部分的成本。对于上面的三种计价方式，如果采用的是可调价合同或者成本加酬金合同，建设单位就应该在合同约定的范围内支付这笔款项。但是，如果采用的是固定价合同，则建设单位就不必为此支付。
    《解释》第22条规定：“当事人约定按照固定价结算工程价款，一方当事人请求对建设工程造价进行鉴定的，不予支持。”