工程量清单计价招标自2002年实行以来，取得了一定的成效。但是，在工程量清单计价招标的运行过程中，也存在一些值得关注的问题，需要通过进一步的实践和探讨来加以解决。
工程量清单格式需统一和完善
工程量清单一般由业主在招标文件中提供，作为承包商计算报价的依据，尤其是以单价合同为计价方式时，要严格按照工程量清单中给定的分项工程量计算单价乘以工程量汇总为总价。但是由于招标文件的编制单位不同，工程量清单的格式各不相同。有的招标文件或工程量清单还有一些不够明确的地方，投标人在理解时容易产生歧义，使得投标人在投标报价时难以把握，并有可能给今后的工程结算、价格调整留下了发生纠纷的隐患。国家有关部门正在编制的《施工招标文件示范文本》或可解决这一问题。
企业成本应该如何界定
按工程量清单计价招标，简单易行，缩短了投标人制作标书时间和成本，提高评标工作效率，克服了系统误差带来的负面影响，准确、合理、公正，便于实际操作，具有其他方法无可比拟的优越性。但值得关注的是，关于投标报价能不能低于成本竞标，这里指的成本是投标人自身的成本。实际的操作过程中，由于投标人成本的不确定性，评定是否低于成本由评标委员会针对每个分项进行认真分析看是否能保证工程质量，是否有偷工减料，是否采用不平衡报价，是否采用新工艺、新材料、新方法等再下结论。但这一操作在实际中很难掌握，能否由造价管理部门制定最低成本控制线，作为各类工程控制性指标，有待于有关部门研究探讨。
合同价格的调整方法需要研究
实行工程量清单招标以后，企业不再把全国统一的定额作为计价基础，工程合同价格调整以中标价为准的内涵将发生变化。首先，报价表中没有相应的价格，如果没有一个各方面均认同的计价基础，索赔的价格如何确定，能不能把全国统一的基础定额作为参照标准？其次，如果各种生产要素的市场价格波动超过企业可以承受的能力，合同价格如何调整，能不能借鉴国际上的经验确定一个合理的波动限度，这个限度如何设定，也是值得研究的。
合同实施阶段的管理应当改进
在合同执行过程中，以工程量清单作为计量和支付的依据，可以使合同的履行得到较好的保证，既维护了甲乙双方的合法权益，又使招标的成果得到落实。但仍有一些问题应该引起注意。首先是应该有一个好的施工合同标准文本。其次，要改进工程付款办法，全面推行实行履约保证金制度，同时，规范工程进度款支付办法。再次，推行工程量清单计价招标必须尽快完善工程保险制度，并结合施工合同管理工作大力推行。另外，还必须建立一套工程合同争议的解决机制。
