先进行工程竣工验收，后进行工程竣工结算，最后进行工程竣工验收备案。

工程竣工验收是指建设工程依照法律、标准的规定或合同约定从工程设计到施工结束的全过程是否符合各项规定的查验。工程竣工结算是指施工企业按照合同约定或法律、标准的规定完成所承包的工程，经验收合格后，向发包单位进行的最终工程款结算。

建设工程竣工验收备案是指建设单位在建设工程竣工验收后，将建设工程竣工验收报告和规划、公安消防、环保等部门出具的认可文件或者准许使用文件报建设行政主管部门审核的行为。

先办理竣工结算在竣工验收中的不合格，由此而产生的修改费用，是可以包含到竣工结算费用里面的，该修改费用是由发包方承担还是承包方承担要看具体的合同约定。

法律依据《建筑法》。