水利工程按工程性质和功能分成两大类，一类是枢纽工程，包括水库、水电站和其他独立建筑物；另一类是引水和河道工程，包括供水、灌溉、河湖整治以及堤防工程等。这种分类的方法主要是从概算编制的角度出发，考虑了工程本身的技术复杂程度和施工的难易程度。而这些因素对工程造价影响很大。在水利部新的概算编制办法中，这两类工程的费用标准有明显不同。
水利工程不论其性质和功能如何，除了形成能发挥巨大效益的工程建筑物，一般都伴随着产生迁移人口、淹没土地和其他自然资源以及引起环境恶化和水土流失等负面效应。因此水利工程投资也由两大部份构成，一是工程部份，二是用于消除负面效应的移民和环境部份。
