１、涉案工程被认定为非法建筑的，应认定合同无效。
在开庭前，涉案工程已按行政主管部门规定补办手续，建设工程施工合同有效。《深圳中院的指导意见》

2、在审理过程中，一方当事人以涉案工程未取得土地使用权或建设用地规划许可、建设工程规划许可主张合同无效的，在开庭前发包人仍未取得土地使用权及上述行政许可的，应认定施工合同无效；
开庭前已经取得土地使用权及上述行政许可，但未取得施工许可的，应认定施工合同有效。《深圳中院的指导意见》
——施工许可证对合同效力的影响。有关施工许可证的规范属于管理性规范，不是影响合同效力性的规范，是否取得施工许可证不影响合同的效力。《重庆高院的意见》