1.我国地下水资源属国家所有，具体的使用权分配给各级用水户，由各级水行政部门管理，地下水资源产权不明确，收益不明确。
如果对地下水资源没有有效的管理措施，按照“先来后到”法则开发利用，易造成地下水资源过量开采的后果。
在灌区，地表水资源与地下水资源分属于不同的部门管理，灌区只是有权经营地表水，以及代表国家经营所管辖范围内的供水设施，在水源管理处购买水后，按一定计划卖给农民。在灌区范围内，地下水资源由县级水行政部门管理，负责行政范围内的地下水资源的规划、管理与开发。地方政府在考虑地下水资源开发利用时很多时候必须根据当地经济与农业发展的需求来制定相关政策。比如某年某个地区出现大旱时，当地政府就会补贴农民打井抗旱。很多农民使用机井后，即使在地表水能满足灌溉需求的年份也不再愿意使用地表水进行灌溉。农民调整种植结构尤其是种植蔬菜等经济作物后，这些作物灌溉次数多，需要很高的保证率，大多数农民选择使用地下水进行灌溉。在很多地区，地下水资源所有权不明确，基本处于自由进入状态。
2.目前我国的地下水管理工作非常薄弱,没有能够实现对地下水的最优管理。
地下水的管理工作涉及开发、利用、节约、保护和配置等多个环节,水利、地质、煤炭、冶金等多个部门都拥有地下水的管理权。且其开发、利用的出发点各不相同,很难达成对地下水的最优管理目标。这其中,水利部门侧重于防汛、抗旱、灌溉及城乡居民生活用水;地质部门多关注深层地下水,深层地下水对地质构造有时会产生较大影响。而对于煤炭和冶金等部门,其在开采及作业的过程中也经常会与地下水发生联系。我们现在之所以发生一些生态环境的问题,主要就是缺乏对水资源的优化管理,当然地下水也在其中。再一点是,目前我国大量的地下水观测井的分布按行政区来设置,而水资源的管理是按流域来划分的,这也造成了管理上的不同步。要解决这一矛盾仍需要很长时间,需要我们去做大量的工作才行。另一方面,水利部门与地质部门之间也缺乏统一的协调管理,对地下水的管理各有侧重点。水利部门侧重浅层地下水研究,而地质部门则侧重深层地下水研究;水利部门重点从三水转换来研究管理地下水,地质部门则从地下水的赋存条件研究管理地下水。两者在管理理念上存在较大分歧。另一个比较严重的问题是近几年地下水的无度开采、超采现象严重,地下水水位下降较快,应提早控制。
实现水资源的高效利用,很重要的一点是加强水资源的统一管理。要建立以流域为单元的水资源统一管理体系,确保流域内各行业的用水,合理配置水资源,同时促进各行业的节约用水和水环境保护,避免由于流域内各部门之间经济实力的差异,造成抢占水资源,滥采地下水,导致水多浪费多,水少发展受制约,生态环境被破坏。在促进水资源统一管理方面,要利用行政、法律、经济手段,建立水资源统一管理体系,确保有限的水资源的可持续利用,保障区域经济社会的可持续发展和生态环境的保护和改善。