水库处于南小河沟主沟道中游，大坝控制流域面积25.0km2，是一座集防洪、拦泥、保护科研试验基地和国家重点水土保持观测站以及供水等功能为一体的Ⅳ等小（1）型工程。水库工程主要由土坝及放水建筑物两部分组成。花果山水库于1960年采用定向爆破法修成后，坝高20m，当年遭遇大暴雨后冲毁。1961年至1963年用水坠法重建，坝高22m。至1988年经4次加高，使坝高达到43m，坝顶高程1193.00m，总库容396.00万m3。因主要建筑物年久失修，带病运行，使得水库病险隐患突出，于2011年列为除险加固项目。