南干渠试验段与大兴灌区并行，距离较近，浅埋暗挖段跨汛期施工，为防止灌区渗漏影响施工安全，保证灌区度汛安全，对本标段桩号1+330～2+612段大兴灌渠采用土工膜进行全断面防渗。在重合段上游修筑挡水围堰，通过导流管将上游非汛期来水排到重合段下游，本标段范围内的大兴灌渠（桩号1+330～2+612）两岸入渠污水引入导流管后也排到重合段下游，确保渠道防渗施工过程中非汛期不过流、不积水；占用渠道行洪断面的3#施工竖井施工平台下铺设导流涵管，确保施工期间大兴灌渠不渗漏。