由第一篇、第二篇及附录组成，全书98万字，第一篇为总论，第二篇为分论，在总论中，以学科的研究内容为纲，依次分为中国湖泊概况、湖泊成因、湖泊沉积、典型湖泊发育演化、湖泊水文、水动力与湖水物理性质、湖水化学、污染与富营养化、湖泊水生物、湖泊资源等8章，冠于分论之前作综合性记述。在分论中，按东部平原地区湖泊志、蒙新高原地区湖泊志、云贵高原地区湖泊志、青藏高原地区湖泊志等5章编排，共记述673个湖泊。
本书第一篇中国湖泊总论由王苏民、汪宪臣、姜加虎、窦鸿身、吴瑞金、舒金华、史复祥、赵宏、薛滨、黄群、施少华、姚秉衡、蔡启明、黄文钰、吴延根、严晓蓉编写。第二篇中国湖泊分论中，东部平原地区湖泊志由窦鸿身、蔡述明、姜加虎、汪宪臣、张圣照、潘红玺、易朝路、朱海虹编写；蒙新高原地区湖泊志由王洪道、范成新、倪华、张玉书、黄宜凯编写；云贵高原地区湖泊志由王云飞、潘红玺、季红、杨迈里编写；青藏高原地区湖泊志由范云崎、张立仁、史复祥、吕虹妹编写；东北平原地区与山区湖泊志由季子修、汪宪臣、王苏民、梁海棠、蒋自巽编写；入志盐湖由中科院青海盐湖研究所陈克造、于升松、唐渊、郑喜玉、胡东生、李秉校编写。此外，朱松泉、周万平、张立、陈伟民、李文朝对本书总论（第七章）部分进行了修改，书中有关图件由张辉玉清绘，在本书编写过程中张晓岚负责协调工作。
本书可供从事湖泊、盐湖、地理、生态、水产、水利、环保和区域规划等专业的科研、工程技术人员、大专院校师生及有关生产、管理工作者阅读和参考。