××年元月正式实施两岸小三通后，為因应两岸通航需求，××县××港务处(以下简称本处)积极建设××港之料罗港区及水头商港区，惟料罗港区与大陆通航距离较远，并不适合作為两岸客运通航港口，而水头商港兴建计画虽已奉行政院核定并开始执行近程发展计画，但核定之工程范围并不包括客运码头，且建港工期较长，无法支应客运通航之需求，加上中程发展计画未奉核定，如仰赖水头商港提供客运码头恐缓不济急。故目前仅能利用现有水头码头勉强供两岸通航客轮泊靠。
现有水头码头结构属於看天型突堤码头，原係大、小××间客货运输专用码头，仅能供小型客船及货轮停靠，由於可靠泊船隻吨位太小，易加上突堤码头极狭窄，靠船数量又多，虽勉强供两岸通航客轮停泊，但旅客进出便利性甚差、易生危险。