全县地处暧温带南缘，是暖温带向亚热带过渡区，东滨黄海，属暖湿季风气候。一年中四季分明，夏季暖热多雨，冬季寒冷干燥，春季升温缓慢，冷空气活动频繁，秋季天气晴朗，日照充足，常受低温和台风影响，降温比较快，冬季少雨有雪。多年平均气温13.8℃，一年中0℃以上的积温5070.30℃，无霜期227天。年均日照2435小时，属高光照区。全县雨量充沛，多年平均降雨量957.9mm，年最大降雨量1377mm（2000年），60%以上集中在6～9月份，冬春少雨。最大月均降雨量为7月份240mm，最小月均降雨量为12月份15.1mm。历年日最大降雨量为492.4mm（2000年8月31日）。
全县多年平均蒸发量1587mm，干旱指数为1.6。
灌南县是冰雹多发地区，1959～2008年共出现冰雹48次，平均每年1次，最多的是1969年达7次。
1.2.1.3 地形、土壤
全县境内地势平坦，由西向东倾斜，地面高程最高约5.9m，最低约1.6m，属平原缓坡地带，平均地面坡降为1/15000～1/20000。
全县境内土壤有潮土和盐土两个土类，5个土属，16个土种，20个变种。黄潮土占耕地的61.1%，分布在盐西地区、义泽河地区和盐东地区北部。土壤质地粘重，保水、保肥性能好，潜在肥力较高。盐碱性潮土占耕地的14.1%，分布在盐东地区南部和盐西地区新安镇南部。土壤含盐量0.1%～0.2%，粘粒含量低，结构性差，板结，通透性不良，保肥、保水性弱，肥力水平低。脱盐土占耕地的24.8%，分布在灌北地区。土壤质地多为粘性，含盐量低于0.1%，但未彻底摆脱盐分的潜在威胁，土壤保水、保肥性能好，养分含量为全县最高。