渔限码头码头区域地质表层为砂层，砂层覆盖较浅，砂层以下为强风化基岩，基岩以凝灰岩、花岗岩为主，强风化岩下层为质硬的凝灰岩、花岗岩，质硬构造相对稳定。码头区基岩起伏较大,最大高差达4m. 该海域潮型属正规半日潮，海峡内海流呈往复流形态，码头区域海床面地形从-2m渐变到-4.5。