轨道交通指挥中心二期工程总建筑面积为69585平方米，其中地上建筑面积42837平方米，地下建筑面积26748平方米。建筑层数： 主楼地上11层，辅楼地上4层，地下2层。为一类高层建筑。设计使用年限100年。
层高：地下一层4.8米，局部5.95米，7.05米，地下二层4.5米，地上一~八层4.5米，九层设备转换层为2.15米，十层指挥大厅11.2米，局部十一层4.2米。室内外高差： 0.45米。檐口高度：49.8米。
地下一层布置变电所、冷冻机房、网络机房、弱电机房、职工食堂及厨房、票卡中心、设备库房和物业管理用房；地下二层布置生活水泵房、消防水泵房等设备用房及机动车停车库。
地上各层主要为地铁线路工艺用房、指挥调度大厅和配套用房，分为东、西主楼和东、西辅楼。
东主楼1~3层为OCC设备机房，4~6层为AFC检测中心，7层为信息中心。西主楼1层为PCC 中心和MLC办公及机房，2~7层为OCC设备机房。东西主楼八层均为指挥大厅电源室、运营图室和运营管理用房，9层为设备转换层，十层为指挥调度大厅，大厅中部局部设置第十一层，作为参观和办公用房。
