水域部分由于受迳流和潮流的作用水下地形复杂 ，北港水域江底呈现南北两个水道，南水道宽约4.2公里,呈宽状“U”字型，水深16～18m，江底略有起伏，幅度约3～4m；北水道宽约800m，最大水深约16m。江堤外普遍分布有潮滩，宽度约100～200m。长江口为中等强度的潮汐河口，口外正规半日潮，口内潮波变形，为非正规半日浅海潮。根据本场址附近的长兴岛水文观测站的潮位资料，实测最高潮位5.88m，实测最低潮位-0.29m，平均高潮位3.30m，平均低潮位0.84m，平均潮差2.34m，平均涨潮历时4h45min，平均落潮历时7h40min。