为实现桥隧转换和设置通风井，主体工程隧道两端各设置一个海中人工岛，东人工岛东边缘距粤港分界线约366m，西人工岛东边缘距伶仃西航道约2000m，两岛长度均为625m，两岛最近边缘间距约5584m。
其中实测最大波高出现于1986年7月12日，最大H1/10=9.1m，Hmax=11.9m，T=12.6s，波向为SSW向。该站常浪向是ESE和SE向，出现频率分别为38.14%和25.86%。珠江口外的海浪主要是台风浪，台风大浪的波向主要为向岸的SE～SSW向，这些方向的波浪通过折射、绕射传播至伶仃洋水域，对本工程有直接影响。
