该车站为地铁南北线的三个Ⅰ级车站之一，车站与既有铁路站场80°斜交，由于受铁路站场分隔，车站主体结构分南区、北区和过站区三部分。南、北区为明挖区，过站区为暗挖隧道。车站主体全长283.45m，其中南区长107.5m，宽24.0m，高14.19m，为地下两层三跨箱形结构，顶板覆土厚1.2~3.5m；北区长107.25m，宽24.0m，高15.49m，为地下两层三跨箱形结构，顶板现覆土厚1.48m、未来覆土厚4.324m；过火车站区长70.7m，单洞宽11.0m，单洞高9.546m，为双洞并行单层暗挖隧道，拱顶覆土厚度6.69~8.06m。车站附属结构共有4 个出入口、2处通风道。本车站上下行线路在直线段线间距为18.2m，站中心轨面标高为-0.925m（吴淞高程），站后设单渡线一条，南、北区采用15m 宽岛式站台，过站区采用4.2m 宽侧式站台，侧站台之间采用横通道相连。工程范围为南京站车站土建工程，其中包括：
（1） 施工前期准备；
（2） 车站围护结构；
（3） 车站主体结构及防水工程；
（4） 车站出入口结构；
（5） 车站通风道结构；
（6） 临时工程及辅助设施；
（7） 监理工程师指示的工程。