车站西端明挖三层，中部及东端暗挖双层。车站总长233.1m，其中明挖段长43.6m，标准段宽度为26.35m；暗挖段长189.5m，标准段宽度为19.70m。车站有效站台中心里程处覆土厚度为9.2m，明挖段顶板覆土厚度为4.5m，底板埋深25m。车站共设置4个出入口通道及2组4个风亭。1、2号出入口位于车站北侧；3、4号出入口位于车站南侧；4个风亭设置在拆迁后的空地上；两个无障碍电梯分别设置在西北象限和东南象限的空地上。
花园桥站西端区间采用盾构施工，车站端头施作盾构始发井。东端区间采用矿山法施工。