车站盖挖段设计为北端47.8米、南端57.4米的三层车站，三层车站结构高19.55米、宽21.02和20.9米,结构顶板覆土厚度3.8～4.2米，负一层为设备层，负二层为站厅层，负三层为站台层。
　　　菜市口站盖挖段位于道路中间围挡范围内，顶板位于地面以下3.8～4.2m处，施工时需要破除路面和挖出顶板以上覆土，为了保证施工安全，在施工中对边坡开挖进行支护处理，基坑护坡桩采用φ800探孔桩桩间距1.2m桩长6.8m，桩间锚喷支护C20混凝土厚50mm，挂网打φ22砂浆锚杆，冠梁顶至地面2.5m采用网锚喷支护按1：3放坡，以保证基坑安全。
　　　盖挖主体围护结构采用φ1000钻孔灌注桩施工，桩间距1.5m，桩长23m和30.3m，钻孔桩中间采用锚喷支护，C20喷射混凝土厚50mm，挂φ6，@150×150钢筋网，打φ22砂浆锚杆。
　　　盖挖中柱采用φ800钢管柱，桩基φ1800钻孔桩，桩长分别为19.55米、24米，施工时采用旋挖钻机，利用泥浆护壁，下桩基钢筋笼和钢护筒进进行水下砼灌注，抽除钢护筒内的泥浆，利用钢护筒保护，下人做钢管柱定位系统，施工钢管柱。
　　　以上护坡桩、围护桩及中柱施工完成后，进行基坑开挖施工盖挖顶板结构，回填基坑，恢复路面交通；通过暗挖风通进入顶板以下盖挖段，进行盖挖顶板下的开挖初期支护和结构二衬施工。