车站位于江东南路（经四路）与集庆门大街交叉口，车站沿江东南路呈南北向布置，埋置于江东南路中部路面以下。江东南路道路红线宽80m,双向10车道，是南京市河西新区的主要城市干道之一，目前路面交通流量不大。集庆门大街现状道路红线宽50m，与江东南路“T”字相交，待江东南路西侧规划路建成后，集庆门大街才与江东南路“十”字相交。车站附近的主要建筑有长江医院、诺玛特商场等，与车站主体距离大于20米，不影响车站围护结构设计。
车站主体范围内主要是沿江东南路（即车站纵向）布置的地下管线和在集庆门大街与江东南路路口横穿江东南路的地下管线。其中受车站主体结构施工影响的沿江东南路布置的地下管线主要有：Ф1500mm的排水管（埋深3.75m）、Ф800mm的排水管（埋深2.0m），Ф500mm的排水管四根（埋深1.2~1.8m），Ф1000mm、Ф800mm、Ф300mm、Ф100mm的给水管各一根，电信管一根，380V路灯电缆一根；在集庆门大街路口横穿车站主体结构的管线主要有：Ф300mm的煤气管一根，Ф300mm的给水管一根，Ф1200mm、Ф600mm的排水管各一根，电信管一根，TV光缆一根，10kV电力管一根。
车站总长312.2m，标准段宽度48.2m，车站顶板埋深约3 m，底板埋深约15.5m。车站南端与二号线西延支线及渡线连接，该段区间工程采用明挖法施工，现地面高程约在6.44~8.08m，原地面高程约在6.00m左右，人工堆填土约1.50m。地貌类型属长江低漫滩。
集庆门大街站长江漫滩相沉积物呈二元结构，上、中部主要由淤泥质粉质粘土为主，下部以砂性土为主，场地地下水类型属孔隙潜水；深部砂性土层（②-3c2-3、②-3d2-3）中地下水具微承压性。