从构成上看，翔安隧道和香港海底隧道最大的区别在于前者有服务隧道而后者没有。翔安隧道现场工程师小李介绍，其实，世界上已建或在建的海底隧道，大部分也都没有服务隧道。翔安隧道设置服务隧道是考虑到市政管线需要——隧道分上下部分，上部为检修车通道、逃生通道；下部为市政管廊，用于布排供水管、高压电缆、通信光缆等。服务通道与两个行车主洞之间(左右线隧道)有12个人行横通道、5个行车横通道相通，在抢险救援逃生时，发挥着重要作用，不过平时不能随便进入。
从施工法看，最大不同则在于，香港隧道用的是沉管法，翔安隧道采用的则是钻爆法暗挖施工。李工程师表示，沉管法指的是将若干个预制段分别浮运到海面(河面)现场，并一个接一个地沉放安装在已疏浚好的基槽内，以此方法修建水下隧道，是当前较为流行的一种隧道施工方法。不过这种工法对水域环境会造成一定破坏。翔安隧道从保护厦门白海豚生存环境以及保护海洋生态环境、海洋珍稀鱼类、海床现状及弃渣利用考虑，最后放弃沉管法。据查证，翔安隧道是目前世界上最大断面的钻爆法(俗称“打眼放炮”)海底隧道，施工方法即把海底爆破、机械开挖及人工开挖相结合。