隧道不良工程地质问题主要为断裂及岩溶，IV级及V级围岩占隧道总长度的40.4%。
隧道区段有3条断裂（F15-1、F15、F16）与洞身相交，均为早期的EW向断裂，以张扭性为特征，破碎带宽15~30m，倾向350~15°，倾角72~82°，后期有硅质热液充填，并在断裂旁侧形成劈理带，造成岩体及为破碎。
根据物探（大地电磁）推测有3条断裂（F1、F2、F3）与洞身相交。此外在寒武系南津关组（01n）底部为溶崩角砾岩，岩性相当破碎，见于地表ZK82+597（YK82+636）附近，与洞身交于ZK83+550（YK83+600）附近。
隧道区的奥陶系、寒武系灰岩、白云岩虽属层状坚硬~半坚硬碳酸盐岩，围岩级别较高，但为可溶岩层。物探推测洞身岩溶主要为小溶洞、溶孔及溶蚀系列，含水丰富，其左线洞身ZK83+050~ ZK83+200、ZK83+750~ ZK84+300、ZK84+360~ ZK84+460段岩溶发育，右线洞身YK83+100~YK83+200、YK83+760~YK84+320、YK84+400~YK84+480段岩溶发育。上述洞身段地震纵波速度明显偏低，瞬变电磁成果显示上述地段呈囊状低速带，表明岩溶及岩溶水发育。
本项目区域降雨集中在3～8月份，多年平均降雨为1600mm，多年平均温度16.4℃。地下水主要为第四系松散层孔隙水、碎屑岩区裂隙水和碳酸盐区溶岩水三类。
