农业生产造成的污染
农田和各种农业设施在农业生产过程中可能对环境造成有害影响。不合理施用化肥和农药会破坏土壤结构和自然生态系统，特别是破坏土壤生态系统。
降水所形成的径流和渗流使土壤中的氮和磷、农药以及牧场、养殖场、农副产品加工厂的有机废物进入水体，使水体本质恶化，有时造成河流、水库、湖泊等水体的富营养化。大量氮化合物进入水体则导致饮用水中硝酸盐含量增加，危及人体健康。氮肥分解产生的氮氧化物直接影响大气的物质平衡。
在农业高度现代化的国家，农业污染源排放的硝酸盐、氮和无机磷已经对水体构成极大危害。
我国农村生活污染
小城镇和农村聚居点的生活污染物因为基础设施和管制的缺失一般直接排入周边环境中，造成严重的“脏乱差”现象:我国每年产生的约为1.2亿吨的农村生活垃圾几乎全部露天堆放;每年产生的超过2500万吨的农村生活污水几乎全部直排，使农村聚居点周围的环境质量严重恶化。
农村乡镇企业污染
近些年来，在人口密集地区尤其发达地区，集约化畜禽养殖蓬勃发展。这些地区可利用的环境容量小，加之其规模和布局没有得到有效控制，没有注意避开人口聚居区和生态功能区，造成畜禽粪便还田的比例低、危害直接。同时，在污染排放强度上并不低于工业企业的集约化养殖场，其污染危害更加严重:不仅会带来地表水的有机污染和富营养化污染以及大气的恶臭污染甚至地下水污染，畜禽粪便中所含病原体也对人群健康造成了极大威胁。此外，由于污水灌溉、堆置固体废弃物以及大量工业污染转移，农村土壤的重金属污染已经影响到了食品安全。
