1、大熊猫保护。大熊猫分布在四川、陕西和甘肃的狭小地带，野外种群数量1000只左右。目前川陕甘三省共建立了34个大熊猫保护区，总面积176万公顷，共有栖息地约65.3万公顷。进一步完善现有保护区的基础设施建设；在大熊猫集中分布区新建28处保护区，总面积达到37.5万公顷；建立17条大熊猫走廓带，改善并恢复33万公顷的大熊猫栖息地；在55个大熊猫分布县建立县级保护站，加强对大熊猫及栖息地的保护管理。同时，加强大熊猫饲养繁殖才野外放归等研究，扩大野生种群数量。
　　2、朱鹮保护。 朱鹮是世界著名的濒危鸟类。60年代后曾一度被认为已经灭绝。1981年5月在陕西省洋县重新发现7只繁殖群体，经过20年的保护，现已发展到248只。但是，仍处于濒危状态。在朱鹮觅食地区尽快恢复天然湿地，及时建立人工模拟湿地共2000公顷，扩大朱鹮的栖息地面积，保证充足的食物供应。选择适宜的重引入区域，建立2～3处异地繁育种群，使新建保护区面积达到20万公顷。加强人工繁殖研究，在现有朱鹮繁殖研究中心的基础上，再建2－3处人工繁育基地，使人工种群达到550只。
　　3、老虎保护。虎是大型猫科动物，历史上曾有5个亚种广泛分布于我国，目前仅存4个亚种，即中国虎（又称华南虎）、东北虎、孟加拉虎和印支虎，野外种群数量不足百只。重点加强15个现有虎保护区的建设，总面积达169万公顷；再建2处东北虎自然保护区，改善栖息地1万公顷，使保护面积达到35万公顷；在保护区之外虎分布的23个县，建立保护站，管护面积达到194万公顷。同时选择适宜地点建立4处种源繁育基地，进行野外放归试验，补充并扩大野外种群数量。
　　4、金丝猴保护。 金丝猴是我国珍稀特有动物，有川金丝猴、黔金丝猴和滇金丝猴，主要分布于四川、云南、贵州、西藏、陕西、甘肃、湖北7省区。目前，已在金丝猴分布区建立自然保护区30多处，面积达160多万公顷。工程重点加强现有金丝猴保护区建设，再建1处金丝猴自然保护区，面积2.4万公顷。在自然保护区以外的金丝猴重点栖息地，建立22个保护站。同进建立3处人工繁育基地，扩大人工饲养种群，选择合适生境，进行野外放归试验。
　　5、藏羚羊保护。 藏羚羊是我国青藏高原特产动物。80年代以来，藏羚羊种群总数急剧下降。目前全国已建藏羚羊保护区3处，总面积3880万公顷。将进一步加大已建保护区建设，完善保护管理机构和管理站点的建设；在西藏、青海和新疆建立3处禁猎区，使禁猎区面积达到800万公顷。
　　6、扬子鳄保护。扬子鳄仅分布于皖南山系以北，海拔200米以下的丘陵地带的水塘中，野外种群仅有几百条。经过努力，已经解决了扬子鳄人工繁殖等难题，现每年可人工繁殖扬子鳄1000至2000条。规划在原有保护区内的基础上，将周边适合扬子鳄栖息的2万公顷划入保护区范围，新建4个保护站。加强人工繁育，使中下游扬子鳄原分布区内选择合适地段划建3处扬子鳄人工放养区，使人工放养区面积达到6万公顷。
　　7、大象保护。我国野生亚洲象约有200至270头，集中在云南西双版纳、思茅等地州。由于栖息地的缩小、偷猎和人口增长等原因，给亚洲象的生存和栖息带来极大的干扰和威胁。不断完善西双版纳和南滚河2处自然保护区垢建设，扩大保护区面积。在保护区外亚洲象约10万公顷的活动区域建立保护站；建立亚洲象驯养繁殖中心，扩大人工饲养种群，杜绝野外猎捕大象。
　　8、长臂猿保护。我国有黑长臂猿、白眉长臂猿、白掌长臂猿和白颊长臂猿4个种，主要分布在云南、海南等省，野外种群数量有足500只。目前，全国共建有涉及长臂猿的保护区13处，面积60多万公顷。规划扩建长臂主要分布的自然保护区2万公顷，恢复片断森林间的植被，连接岛状栖息地。在保护区外约40万公顷的长臂猿栖息区域，建立12处保护站。建立2个长臂猿人工驯养繁殖中心，扩大人工繁殖种群，进行野化训练，促进野外种群的恢复。
　　 9、麝保护。我国有原麝、林麝、马麝、黑麝和喜马拉雅麝5个种，曾广泛分布于全国各地。由于大量捕杀及栖息地严重破坏，全国麝资源已由60年代的250万头左右下降到目前的20万－30万头，主要分布范围缩减至13个省区，面积约1万公顷，涉及保护区约66处，面积884万公顷。进一步对麝资源相对多的自然保护区，加强基本建设和野外保护能力建设。在麝分布较为集中的地区建立4处禁猎区，禁猎区面积达到60万公顷。在适宜区域选择10－15处共约200万公顷林地恢复和改善植被，进行麝自然放养。建立2处麝的人工驯养繁殖基地，力争在短时期内在人工繁殖技术方面有重大突破。
　　 10、普氏原羚保护。普氏原羚是我国特产濒危动物，曾广泛分布于内蒙古、宁夏、甘肃、青海、新疆等地。目前仅在青海湖周围有少量分布，数量300只左右。工程将加强普氏原羚现栖息地──青海湖自然保护区的建设。扩建保护区面积3万公顷，对周边约4万公顷的觅食、活动区域进行强化保护，建立保护站4处，改造和恢复栖息地约2万公顷。建立圈养种群，攻克普氏原羚人工饲养繁殖难题。
　　 11、野生鹿类保护。鹿类动物具有极高的经济价值，人工驯养利用历史悠久。今后将重点加强海南坡鹿、麋鹿、梅花鹿、白唇鹿、驼鹿和马鹿的保护，重点加强13处自然保护区的保护能力建设。在保护区周边区域约1500万公顷的栖息地，建立140处保护站，恢复和改善栖息地10万公顷。建立6处人工繁育基地、4处狩猎和合理利用示范区，开展人工驯养梅花鹿和麋鹿的野外放归。
　　 12、鹤类保护。世界鹤类现存15种，我国有记录的9种，其中黑颈鹤、丹顶鹤、白头鹤、白枕鹤、灰鹤、蓑羽鹤6种是繁殖鸟。现有鹤类自然保护区达40多个，面积1000多万公顷。规划期内，重点完善已建保护区管理机构和管理站点的建设，扩大保护区的面积，保护湿地和栖息地环境。在鹤类繁殖地和迁飞停歇地建立保护站120，选择性恢复和改善湿地4万公顷；建立5处鹤类人工繁育基地，扩大人工繁殖种群。
　　 13、野生雉类保护。全世界共有雉类183种，我国49种，其中18种为我国特有。加大现有保护黄腹角雉、褐马鸡、绿尾虹雉等10处雉类自然保护区建设力度，在陕西再建1处保护区，面积8000公顷。在保护区外约100万公顷的主要分布区域建立保护站，在华东、西南、华并和东北选择恢复和改善栖息地5万公顷。
　　 14、兰科植物保护。兰科野生种均属《濒危野生动植物种国际贸易公约》的保护范围，大多为珍稀濒危种类，约有60－120种兰科植物濒临灭绝。规划期内，在兰科植物较为集中的区域，以及即将灭绝物种原产地，建立保护区和保护站。建立8处禁采区，面积40万公顷。在全国范围内禁止乱采滥挖野生兰花，严禁野生兰花的市场贸易。建立兰科植物移地保存物种基因库和兰花良种生产基地，开展兰科植物繁育技术研究，推广优良的兰科植物栽培物种和品种。
　　 15、苏铁保护。苏铁是现存最古老的裸子植物。全世界苏铁科有1属约60种，我国约18种，主要分布在福建、广东、广西、四川、贵州和台湾等地。保护的重点是我国特有的苏铁物种。进一步加强四川、云南等省的3个自然保护区管理能力建设，在贵州新建1.5万公顷的苏铁自然保护区。在其它苏铁重要分布区及原生地，建立保护站和监测站点。建立苏铁母树林保护基地，在云南四川建立人工培育基地。