一篇完整的论文主要有标题、摘要、关键词、正文、注释、和参考文献这六部分组成。注释是指论文中的一些专业词汇的解释。一般通过两种途径可找到，一种是通过专业工具书(专业词典)。另一种最简便的方法就是在搜索引擎(百度、谷歌、雅虎等)里面输入该专业词汇即可查到。许多作者不了解参考文献与注释的区别，相当多的人将参考文献作为注释写于当页之下，这是不规范的。
《中国学术期刊(光盘版)检索与评价数据规范》中十分清楚地规定：“参考文献是作者写作论文著作时所参考的文献书目”，一般集中列于文末;注释是对论著正文中某一特定内容的进一步解释或补充说明，一般排印在该页地脚。参考文献序号用方括号标出，而注释用数字加圆圈标注(如①②……)”。可见，参考文献与注释有着显著的区别，作者在撰写论著时应严格将其区分开来标注.
参考文献和注释对于一篇科研论文具有重要的意义。虽然并非每篇论文一定要有参考文献和注释，但完整、规范的参考文献和注释，能使论文显得更具有科学性、客观性，为论文更添一份可信度，同时也有利于大型数据库的建立以及对文献数据进行交换、处理、检索、评价和利用。为此，清华大学《中国学术期刊(光盘版)》杂志社制定了一套技术规范――《中国学术期刊(光盘版)检索与评价数据规范》，对检索与评价数据主要项目(包括参考文献和注释)的名称、代码、标识和编排格式等等，提出了一些建议。1999年，新闻出版署发文要求所有进入光盘版的期刊参照执行。该规范的制定和实施，有利于科研成果的信息化。但在参考文献与注释的具体注录中，各种期刊存在着一些明显不同的做法，从而使这一问题显得比较随意和混乱。为此，本文试图对这一问题进行分析，并对二者的区分与处理作一些探讨.
一、“参考文献”与“注释”的内涵
(一)关于“参考文献”，
在学术论文的写作过程中，我们必然要提及他人的研究成果，因为从科研的规律来看，任何研究都是在前人研究的基础上进行的。这一提及他人科研成果的过程，就是参考或引用。
《辞海》(1999年版)的解释是：“参考：参合他事他说而考察之;参酌”;“文献：原指典籍与贤者。后专指有历史价值的图书文物资料。亦指与某一学科有关的重要图书资料。今为记录有知识的一切载体的统称，即用文字、图象、符号、声频、 视频等手段以记录人类知识的各种载体(如纸张、胶片、磁带、光盘等)。”至于“参考文献”则没有专门的条目。
我们再看几个规则的相关规定。
《文后参考文献著录规则》(GB7714-87)提出，文后参考文献指“为撰写或编辑论著而引用的有关图书资料”。当然，在这里，“引用”可以是直接引用原文，也可能是间接引用即借鉴、吸收其思想、观点;而“文后”二字，则表明参考文献与正文有明显区别，即是置于正文之后的一类东西。
《中国学术期刊(光盘版)检索与评价数据规范》的说法是：“参考文献是作者写作论著时所参考的文献书目。”这里强调“参考”二字，即这些文献资料对作者写作该文起了参酌、参照的作用。
《中国高等学校社会科学学报编排规范》(修订版)关于参考文献有这样一段规定：“参考文献的著录应执行GB7714-87《文后参考文献著录规则》及《中国学术期刊(光盘版)检索与评价数据规范》规定，采用顺序编码制，在引文处按论文中引用文献出现的先后以阿拉伯数字连续编码，序号置于方括号内。一种文献在同一文中被反复引用者，用同一序号标示，需表明引文具体出处的，可在序号后加圆括号注明页码或章、节、篇名，采用小于正文的字号编排。”从这段文字可以看出，该规范没有明确论及什么是参考文献，但基本是沿袭前两个规范的做法，并且明确将引文列入参考文献。
《中国高等学校自然科学学报编排规范》(修订版)关于参考文献有这么几段话：“为了反映论文的科学依据和作者尊重他人研究成果的严肃态度以及向读者提供有关信息的出处，应在论文的结论(无致谢段时)或致谢段之后列出参考文献表”，“参考文献表中列出的一般应限于作者直接阅读过的、最主要的、发表在正式出版物上的文献。”在这里，不仅指明了列出参考文献的目的，而且就其内容做出了一定的要求。
(二)关于“注释”：
《辞海》(1999年版)：“注释：亦称‘注解’，指对书籍、文章中的词语、引文出处等所作的说明。”注释作为书籍和论文的附件，最早产生于汉代，曾有传、注、故、训、笺、疏、章句、解诂等名称，后通称为“注”，相对于“白文”而言。当时的所谓“白文本”，即指先秦著作不加注释、音训、疏解的纯正文本。
我们来看一下有关规范关于“注释”的说法：
“注释是对论著正文中某一特定内容的进一步解释或补充说明”。――《中国学术期刊(光盘版)检索与评价数据规范》)
“注释主要用于对文章篇名、作者及文内某一内容作必要的解释或说明。” ――《中国高等学校社会科学学报编排规范》(修订版)：
“解释题名、作者及某些内容，均可使用注释”。――《中国高等学校自然科学学报编排规范》(修订版)
可以看出，三个规范有关注释的规定基本一致，但在注释的对象问题上略有不同，《中国学术期刊(光盘版)技术标准规范》仅限于正文内容，而其他两个规范扩展到了对题名(或篇名)、作者的解释。
(三)参考文献与注释的区别：
以上是摘录了各规范有关“参考文献”和“注释”的规定。关于二者的区别，《中国学术期刊(光盘版)技术标准规范》明确从内容、形式、编排位置等方面试图对二者做出区分：
“参考文献是作者写作论著时所参考的文献书目，一般集中列表于文未;注释是对论著正文中某一特定内容的进一步解释或补充说明，一般排印在该页地脚。参考文献序号用方括号标注，而注释用数字加圆圈标注(如①、②…)。”这种规定，努力将二者区分开来，在实际写作中也具有较强的可操作性，并在实际操作中常常出现这样两种情况：一是引文一律被当作参考文献处理，二是论文中的注释极少或者说大多没有。
二、实际工作中存在的问题
规定似乎已经清晰明确，然而在实际操作中，更多的事实是，由于规定的并未精确到位以及以往的习惯，学术论文的作者以及期刊编辑在这个问题上存在太多的随意与混乱。我们不妨看几个例子：
《教育研究》(中国期刊方阵双效期刊)2003年第1 期P30：
注释：
①樊浩.教育伦理本性与伦理精神前提[J].教育研究，2001，(1).
②王小锡.经济论理与企业发展[M].南京：南京师范大学出版社，1998.66-71.
…… ……
注1的正文内容为：
“最近，樊浩教授撰文专门探讨了‘教育的伦理本性与伦理精神’问题”，提出了伦理精神是教育共同体的人文本性的核心，教育共同体是一个伦理实体的重要论断。①(P25)
可以看出，这里的“注释”，如果按照《中国学术期刊(光盘版)技术标准规范》的规定，分明就是“参考文献”，但又采用了“注释”的外在形式――用数字加圆圈标注。
我们再看《南京师大学报(社会科学版)》(中国期刊方阵双效期刊、中国综合性人文社会科学类核心期刊)2004年第6期中的几例：
及至中世纪，基督教徒也高举自由主义旗帜，宣扬“耶稣就是一个自由探索原则的提倡者，一个创建文明的伟大英雄，正式他使人类从迷信中解放出来” [1](p.83) 。(P5)
在这里，直接引文被处理为参考文献：
参考文献：
[1]弗里德利希·包尔生.伦理学体系[M].北京：中国社会科学出版社，1998. (P8)
再看：
也正是在这个意义上，黑格尔才说，自由作为一种普遍精神，作为现存世界、自我意识以及人之根本意志的根本性规定，就像“重力是物的根本性规定一样”，不仅为自然界所固有，也为人类所固有;而且自由只有作为意志、作为主体才具有现实性。(P5)
然而，这里对黑格尔观点的间接引用，既没有标为参考文献，也没有标为注释。
我们再看：
所以在英国尽管也有排除司法审查的规定，但法院总是根据“越权无效”的原则使排除司法审查的法律条款要么完全不发生作用，要么只在一个小范围内发生。① (P49)
这里则被处理为注释，排于当页地脚：
