人工挖孔桩的缺点是挖孔中劳动强度较大，单桩施工速度较慢，尤其是安全性较差，因此在施工过程中须重视安全。
1、挖孔桩的常见安全事故
人工挖孔桩的常见安全事故有孔口石块或杂物掉入孔口砸伤正在孔中的施工人员；卷扬机、人工起吊重物（出渣）钢丝绳、麻绳跳槽、断裂、刹车失灵导致的安全事故；孔口操作人员被地下有害气体中毒昏迷甚至死亡，孔壁支护不当而坍塌砸伤甚至活埋操作工人；孔内电缆、电线磨损受潮导致工人触电伤亡；深孔中突然涌水淹没操作人员等等。
2、孔口围护安全措施
孔口四周必须浇筑砼护圈，并在护圈上设置围栏围护，应高出地面0.8m。孔内作业时，孔口上面必须有人监护。挖出的土方应及时运离孔口，不得堆放在孔口四周1m范围内，砼围圈上不得放置工具和站人。孔内作业人员必须头戴安全帽、身系安全带，特殊情况下还应戴上防毒防尘面具。利用吊桶运土时，必须采取相应的防范措施，以防落物伤人，电动葫芦运土应检验其安全起吊能力后方可投入运行。施工中应随时检查垂直运输设备的完好情况和孔壁情况。
3、卷扬机、人工起吊重物（出渣）安全措施
施工时，孔内挖土人员的头顶部位应设置护盖，出渣吊桶升降时，挖土人员应在护盖下面工作。为防止吊运过程中吊桶内土石渣洒出伤人，装渣时不得装满吊桶，一般装2/3桶为宜。对于卷扬机等出渣机具要经常进行检查，防止麻绳、钢丝绳在吊运过程中跳槽、断裂或发生刹车失灵等情况，并由专人进行管理，
4、孔中防毒安全措施
地下特殊地层中往往含有CO、SO2、H2S 或其它有毒气体，故每次下孔前，必须对桩孔内气体进行检测（或进行活体试验），发现有害气体含量超过允许值时，应将有害气体清除至化学毒物最低允许浓度的卫生标准，并采用足够的安全卫生防范措施，如设置专门设备向孔内通风换气（通风量不少于15L/S）等措施，以防止急性中毒事故的发生。人工挖孔作业一旦发生人员中毒、窒息等事故，必须在现场按应急措施规范要求实施抢救，根据情况及时送医院进一步抢救治疗，并报当地建设行政主管部门和劳动、卫生部门，以便采取相应措施。