道路运输领域：与公安部门在打击公路治超、非法营运等方面，以及与工信部门在打击车辆非法改装等方面存在职责交叉、职责不明等问题；
港口领域: 一是“港区”概念外延，功能港区属性扩大，安全生产管理工作非交通运输一家管理部门所能覆盖；二是港区内存储危化品罐区的安全监管工作职责移交到交通运输港口管理部门后，由于编制、人员没有同步移交，也没有新增机构和编制，缺乏专业监管队伍和专业监管装备，导致港口管理部门难以有效履行安全监管职责；
水路运输领域：在对三无船舶、农用船、旅游船的安全监管方面与公安、农业、旅游、体育等部门存在职责不清的问题；